藏医学至今已有多年的历史，它是藏族人民经过长期积累的实践经验，最终形成的独具特色的医学体系。藏医学发展更是经历萌芽、奠基、发展、争鸣、繁荣、振兴六个阶段，其中在14世纪—17世纪中叶，因所处区域、医疗实践经验传承的不同，出现了不同的藏医学术流派，在多个派系中影响最大的则是北派（强巴学派）和南派（苏喀巴学派）。
北派
北派以南杰札桑为代表，主要活动于拉萨西北干燥地区，擅长使用温热药物治疗寒性疾病，以辩、著的方式结合西藏北方的地理、气候、生活方式等特点，对独具特点的医治方法进行经验总结，著述医书疏解，创制新药方，辨别药物等。
北派代表人物—南杰札桑
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南杰札桑生于后藏昂仁县，4岁随父学习藏文，10岁起，先后拜珀东乔勒南杰、桑耿坚赞、仁青白桑等高僧学者为师。在主要学习显密经典的基础上，重点攻读有关医学和时轮方面的著作，取得优异的成绩，逐渐成为当时众多学者中藏医和历算方面的权威。
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南杰札桑在《医学四续》的理论基础上，根据藏北地区的地理环境、气候和人们的生活习俗等特点，总结长期临床经验，对《医学四续》作了更加详尽的注解，撰写了大量医学著作，并开创了藏医史上的北派。其著作主要有《八支集要如意珠宝一百二十颂》、《本续释解明灯》、《释续广注甘露源》、《四续疑难解辉》、《注释明灯》、《日月食论》等。
南派
南派以苏喀·年尼多杰为代表，主要活动于拉萨东南地区，擅长使用清热解*的药物治疗热性疾病，对药物味道、功用、药效本质、释名及其作用等方面进行论述，介绍药物等，以讲、辩、著的形式，发扬南派的特点。
南派代表人物—苏喀·年尼多杰
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苏喀·年尼多杰，出生于塔波拉妥苏喀尔地方杰嘎家族，自幼向父亲及夏惹热降巴、免顿·旺秋桑波等人学习各类知识；10岁时到曲英孜学习；16岁左右，对《宇妥精要清除悲痛黑暗之恩德阳光》做出补遗；编著《千万舍利》、《四部医典广注》、《水晶彩函》总纲及《四部医典》难点进行解释的《四部医典问难银镜》、《格言阳光》等诸多论著。
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苏喀·年尼多杰将山南、塔工地区的涅、洛、恰、埃、娘、工等地的医生邀请到一起，对自己所著的医学典籍从药物味道、功能、药效、本质、释名和化后性味及主治病症等进行鉴定，奠定了藏医南方学派的理论基础。
这两大学派虽有不同见解，但都均捧《四部医典》为主要典籍，坚持《四部医典》的总纲和理论，同时结合自己的具体特点，对独特的经验不断进行总结和整理，这些学派学术交流和发展，对藏医学的理论和实践各方面都有所补充，极大地丰富了《四部医典》的内容，更促进了藏医学的充实和发展。